吉林農(nóng)業(yè)大學學報 2024 年 4 月
Journal of Jilin Agricultural University 2024,April
were significantly enriched in 10 and 14 KEGG metabolic pathways, respectively; Transcription fac?
tors predicted that 20 transcription factors in 13 families of NC95 changed significantly, and 38 tran?
scription factors in 20 families of SY04-3 changed significantly. This study provides reference for
the study on the early response of tobacco to potato Y virus infection mechanism.
Key words:tobacco; potato virus Y; transcriptome; differentially expressed genes
馬鈴薯 Y 病毒屬(Potyvirus)是最大的植物病
毒屬,其代表種為馬鈴薯 Y 病毒(Potato virus Y,
PVY),是侵染植物的 RNA 病毒[1-2]
。PVY 通過蚜
蟲和汁液摩擦等非持久性方式侵染馬鈴薯、辣椒、
番茄和煙草等茄科作物[3-4]
。在我國煙草種植區(qū)域
流行的代表性PVY毒株至少有4種,分別是脈壞死
株系(PVYN
)、莖壞死株系(PVYNS)、點刻條紋株系
(PVYC
)和普通株系(PVYO
)[5-6]
。當煙草感染 PVY
后,葉脈呈暗褐色,葉片出現(xiàn)花葉型的斑駁,病葉烤
曬后香氣和色澤較差,煙堿降低,硝酸鹽和總氮含量
上升,煙葉品質(zhì)明顯降低,帶來巨大的經(jīng)濟損失[7]
。
近年來,轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在生物學研究領(lǐng)域
已經(jīng)廣泛應用,通過轉(zhuǎn)錄組測序可以快速、全面、
準確地了解植物基因總體表達情況,有利于挖掘
與防御、信號轉(zhuǎn)導和次生代謝等重要的基因[8-9]
。
雷陽等[10]
對辣椒苗期抗感黃瓜花葉病毒病比較
轉(zhuǎn)錄組學分析發(fā)現(xiàn),蛋白質(zhì)代謝、防御反應、激素
調(diào)節(jié)等通路共同在辣椒體內(nèi)對黃瓜花葉病毒進行
免疫;Liu 等[11]
利用轉(zhuǎn)錄組分析在藍光下控制玉
米氣孔發(fā)育的調(diào)節(jié)網(wǎng)絡,確定了 6 個在 HY5 模塊
和 MAPK級聯(lián)調(diào)控中起作用的基因;Kong等[12]
對
甜椒冷脅迫后進行轉(zhuǎn)錄組測序,篩選出許多參與生
物膜穩(wěn)定性、脫水和滲透調(diào)節(jié)以及植物激素信號轉(zhuǎn)
導的差異表達基因,并鑒定出41個冷誘導轉(zhuǎn)錄因子
家族的250個轉(zhuǎn)錄因子。本研究通過對PVY高感
(NC95)和高抗(SY04-3)品種進行接種處理,利用
轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)深入了解煙草對 PVY 侵染的早
期響應的轉(zhuǎn)錄組信息,為進一步揭示煙草抗 PVY
的動態(tài)過程和培育抗病品種提供理論依據(jù)。
1 材料與方法
1. 1 試驗材料
供試材料為 PVY高感品種 NC95與高抗品種
SY04-3。PVY 病毒葉由延邊朝鮮族自治州農(nóng)業(yè)
科學院煙草研究所提供,將病葉剪碎放入冰上預
冷的研缽中,加入磷酸緩沖液后研磨至漿液,用無
菌紗布過濾掉殘渣,制成PVY病毒液,放在4 ℃冰
箱備用。
1. 2 方法
1. 2. 1 材料處理及轉(zhuǎn)錄組測序 使用質(zhì)量分數(shù)
為0.1%的AgNO3溶液對煙草種子進行消毒,用清
水浸洗 7~8 次。完成后將種子均勻撒在育苗盤
中,在延邊大學農(nóng)學院溫室進行育苗,待煙苗長至
三葉期移栽至營養(yǎng)缽中。煙株長至 5~6 片葉時,
選取長勢一致的煙株進行人工接種 PVY:用石英
砂在葉片背面劃出傷口,用棉簽蘸取病毒液涂抹
在傷口處,對照用清水代替病毒液。12 h 后對接
種和未接種的煙株進行取樣,將取下的葉片迅速
包好放入液氮中,置于-70 ℃超低溫冰箱冷藏,各
樣品均取3次重復。所有樣品由北京百邁克生物
科技有限公司進行轉(zhuǎn)錄組檢測。
1. 2. 2 測序數(shù)據(jù)的分析 為保證后續(xù)數(shù)據(jù)分析
的準確性,在進行數(shù)據(jù)分析前篩選出高質(zhì)量的
Reads。通過去除含有接頭的 Reads 和低質(zhì)量的
Reads[包括去除w(N)>10%的Reads和質(zhì)量值Q≤
10 的堿基數(shù)占整條 Read50% 以上的 Reads 等]對
原始數(shù)據(jù)進行過濾,得到高質(zhì)量的 Clean reads 并
進行后續(xù)分析[13]
。
1. 2. 3 差異基因的篩選與生物信息學分析 采
用DESeq軟件對對照與接種處理的樣本進行差異
表達基因的篩選,將差異倍數(shù)(fold change,F(xiàn)C)≥
1.5,P值≤0.01作為篩選標準。
將抗感2個品種的樣品組間所選出的差異表
達基因在北京百邁客生物科技有限公司百邁客云
平臺進行 GO 功能注釋和 KEGG Pathway 顯著性
富集分析[14]
。
根據(jù)差異表達基因與植物轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫
4.0(http:∥planttfdb. cbi. pku. edu. cn/)進 行 對
比,閾值設(shè)置為 E 值=1×10?5
,篩選差異表達基因
的轉(zhuǎn)錄因子分類及數(shù)目。
1. 2. 4 差異基因的 qRT-PCR 的驗證 為驗證
轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果的準確性,隨機挑選4個基因,進
行 qRT-PCR 驗證,利用 Primer 6 軟件設(shè)計擴增引
物(表1)。各處理的樣品總RNA由北京百邁客生
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