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空間轉(zhuǎn)錄組專題案例集

目錄

CONTENTS

空間轉(zhuǎn)錄組系統(tǒng)專題案例集

【1】神經(jīng)系統(tǒng).....................................................................................3

【2】淋巴系統(tǒng).....................................................................................4

【3】呼吸系統(tǒng).....................................................................................5

【4】消化系統(tǒng)專題.............................................................................6

【5】泌尿系統(tǒng)專題.............................................................................7

【6】生殖系統(tǒng)專題.............................................................................8

【7】?jī)?nèi)分泌系統(tǒng)專題.........................................................................9

【8】心血管系統(tǒng)專題.......................................................................10

【9】運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)專題...........................................................................11

空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用專題①

神經(jīng)系統(tǒng)

神經(jīng)系統(tǒng)是機(jī)體內(nèi)對(duì)生理功能活動(dòng)調(diào)節(jié)起主導(dǎo)作用的系統(tǒng)，主要由神經(jīng)組織組成。在神經(jīng)系統(tǒng)研

究中，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要可以幫助我們研究以下內(nèi)容：①大腦空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)圖譜；②神經(jīng)元表型

的空間轉(zhuǎn)錄模式；③神經(jīng)疾病的空間生物學(xué)特征等。

空間轉(zhuǎn)錄組在神經(jīng)系統(tǒng)中的應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組神經(jīng)系統(tǒng)經(jīng)典案例

中文題目：人背外側(cè)前額葉皮層中轉(zhuǎn)錄組尺度的空間基因表達(dá)

英文題目：Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

期刊：Nature Neuroscience IF：25

項(xiàng)目：10x Visium 空間轉(zhuǎn)錄組

美吉生物提供全組學(xué)一站式無(wú)憂解決方案

僅2022年全年，助力客戶發(fā)表文章2852篇，平均IF＞7

主要結(jié)論：

①確定了背外側(cè)前額葉皮層(DLPFC)廣泛的分層富集的轉(zhuǎn)錄特征；

②空間和snRNA測(cè)序數(shù)據(jù)聯(lián)合，增強(qiáng)了基因表達(dá)驅(qū)動(dòng)簇的空間注釋準(zhǔn)確性；

③整合神經(jīng)精神障礙疾病特征基因集，顯示精神分裂癥和自閉癥譜系障礙相

關(guān)基因的皮層差異富集表達(dá)，突出了空間定義基因表達(dá)的臨床相關(guān)性。

神

經(jīng)

系

統(tǒng)

研

究

大腦空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)圖譜

組織空間區(qū)域功能特征；

大腦組織空間特征基因；

發(fā)育中的大腦特征圖譜；

神經(jīng)元表型空間轉(zhuǎn)錄模式

神經(jīng)疾病空間生物學(xué)特征

繪制腦神經(jīng)元細(xì)胞圖譜；

異質(zhì)性細(xì)胞起源和機(jī)制；

神經(jīng)元活動(dòng)的調(diào)節(jié)因子；

腫瘤基因表達(dá)譜異質(zhì)性；

疾病微環(huán)境的動(dòng)態(tài)變化；

疾病標(biāo)志物和靶點(diǎn)研究；

2023熱點(diǎn)基因TOP5為：BDNF(神經(jīng)因子)、NLRP3

(炎癥)、SIRT1(衰老)、CD4(免疫)、TLR4(調(diào)控)

2023熱點(diǎn)疾病/表型TOP5為：多發(fā)性硬化癥、

神經(jīng)壓力、腦損傷、睡眠、腦卒中

Top Disease/phenotype Top Gene

主要結(jié)論：

①深入研究了人類和小鼠淋巴器官中的BRC景觀和免疫細(xì)胞相互作用；

②除了BRC產(chǎn)生的生態(tài)位因子外，免疫細(xì)胞驅(qū)動(dòng)的BRC分化和激活共

同調(diào)控BRC亞群的富集，在不同物種間具有保守性；

③免疫細(xì)胞提供的一組典型信號(hào)執(zhí)行雙向信號(hào)程序，維持淋巴器官和

物種功能性BRC生態(tài)位，從而確保有效的體液免疫。

空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用專題②

淋巴系統(tǒng)

淋巴系統(tǒng)是人體內(nèi)重要的防御功能系統(tǒng)，它遍布全身各處，由淋巴管(毛細(xì)淋巴管、淋巴管、淋

巴干與淋巴導(dǎo)管)、淋巴組織(彌散淋巴組織與淋巴小結(jié))、淋巴器官(如胸腺、骨髓、脾、扁桃體

等)構(gòu)成，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要可以幫助我們研究以下內(nèi)容：①淋巴器官免疫微環(huán)境研究；②免疫

細(xì)胞發(fā)育的空間圖譜；③淋巴系統(tǒng)腫瘤異質(zhì)性研究等。

空間轉(zhuǎn)錄組在淋巴系統(tǒng)中的應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組淋巴系統(tǒng)研究經(jīng)典案例

中文題目：保守的基質(zhì)-免疫細(xì)胞回路維持B細(xì)胞的穩(wěn)態(tài)和功能

英文題目：Conserved stromal–immune cell circuits secure B cell homeostasis and function

期刊：Nature Immunology IF：30.5

項(xiàng)目：10x Genomic scRNA-seq、10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組

樣本類型：小鼠脾臟、淋巴結(jié)、潘氏斑

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淋

巴

系

統(tǒng)

研

究

淋巴器官免疫微環(huán)境研究

組織部位空間免疫景觀；

免疫細(xì)胞間的相互作用；

功能細(xì)胞亞群空間定位；

免疫細(xì)胞發(fā)育的空間圖譜

淋巴系統(tǒng)腫瘤異質(zhì)性研究

發(fā)育中的免疫系統(tǒng)研究；

異質(zhì)性細(xì)胞起源和機(jī)制；

階段性空間基因表達(dá)譜；；

腫瘤惡性細(xì)胞空間分布；

腫瘤微環(huán)境的動(dòng)態(tài)變化；

空間背景下的轉(zhuǎn)錄特征；

2023熱點(diǎn)基因TOP5為：NODAL(發(fā)育分化)、CD4、

(免疫)、AIRE(免疫)、TIE1(腫瘤)、SVEP1(免疫)

2023熱點(diǎn)疾病/表型TOP5為：乳腺癌、淋巴

水腫、黑色素瘤、胃癌、肺癌；

空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用專題③

呼吸系統(tǒng)

呼吸系統(tǒng)是人體與外界空氣進(jìn)行氣體交換的一系列器官的總稱，由呼吸道和肺兩大部分組成。在

呼吸系統(tǒng)研究中，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要可以幫助我們研究以下內(nèi)容：①呼吸系統(tǒng)免疫微環(huán)境；②呼

吸系統(tǒng)的發(fā)育分化；③呼吸系統(tǒng)疾病機(jī)制等。

空間轉(zhuǎn)錄組在呼吸系統(tǒng)中的應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組呼吸系統(tǒng)經(jīng)典案例

中文題目：人類遠(yuǎn)端肺圖譜和譜系層次揭示了一種雙能祖細(xì)胞

英文題目：Human distal lung maps and lineage hierarchies reveal a bipotent progenitor

期刊：Nature IF：64.8

項(xiàng)目：10x Visium 空間轉(zhuǎn)錄組、scRNA-seq

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主要結(jié)論：

① 確定了以前未表征的、分子上不同的支氣管細(xì)胞類型；

② 揭示了稀有細(xì)胞類型狀態(tài)分化為正?；虿±頎顟B(tài)的機(jī)制；

③ 修改了人類肺細(xì)胞圖譜和譜系軌跡。

呼

吸

系

統(tǒng)

研

究

呼吸系統(tǒng)免疫微環(huán)境

解析組織區(qū)室細(xì)胞類型；

細(xì)胞分布與疾病相關(guān)聯(lián)；

免疫細(xì)胞類型功能組成；

呼吸系統(tǒng)的發(fā)育分化

呼吸系統(tǒng)疾病機(jī)制

空間區(qū)域的細(xì)胞間互作；

異質(zhì)性細(xì)胞起源和機(jī)制；

階段性空間基因表達(dá)譜；

空間局部的免疫微環(huán)境；

異質(zhì)性細(xì)胞的空間分布；

疾病進(jìn)展中的轉(zhuǎn)錄機(jī)制；

2023熱點(diǎn)基因TOP5為：NLRP3(炎癥)、ACE2(新

冠)、PIGS(應(yīng)激)、EGFR(腫瘤)、TLR4(互作)

2023熱點(diǎn)疾病/表型TOP5為：新冠、

哮喘、肺癌、慢阻肺病、肺纖維化

空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用專題④

消化系統(tǒng)

消化系統(tǒng)由消化管和消化腺兩部分組成，基本的功能主要是攝取、轉(zhuǎn)運(yùn)、消化食物和吸收營(yíng)養(yǎng)，

排泄廢物等。在消化系統(tǒng)研究中，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要可以幫助我們研究以下內(nèi)容：①消化系統(tǒng)腫

瘤微環(huán)境研究；②消化系統(tǒng)發(fā)育的空間圖譜；③消化系統(tǒng)疾病發(fā)展機(jī)制和靶點(diǎn)研究。

空間轉(zhuǎn)錄組在消化系統(tǒng)中的應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組消化系統(tǒng)研究經(jīng)典案例

中文題目：小鼠腸道損傷后愈合的空間轉(zhuǎn)錄組景觀

英文題目：The spatial transcriptomic landscape of the healing mouse intestine following damage

期刊：Nature Communication IF：16.6

組學(xué)技術(shù)：10x Visium 空間轉(zhuǎn)錄組、RNA-seq醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)錄組

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主要結(jié)論：

① 在穩(wěn)態(tài)條件下，證明了以前未被認(rèn)識(shí)到的結(jié)腸分子區(qū)域化，在粘膜

愈合過(guò)程中發(fā)生了巨大變化；

② 確定了空間組織的轉(zhuǎn)錄程序，定義了區(qū)隔化的粘膜愈合，以及關(guān)鍵

活性通路的所在區(qū)域；

③ 發(fā)現(xiàn)p53活性的降低,限定了增殖上皮干細(xì)胞增加的區(qū)域；

④ 繪制了與人類疾病相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)模塊，展示了數(shù)據(jù)集的轉(zhuǎn)化潛力。

消

化

系

統(tǒng)

研

究

消化系統(tǒng)腫瘤微環(huán)境研究

消化系統(tǒng)發(fā)育的空間圖譜

疾病發(fā)展機(jī)制和靶點(diǎn)研究

2023熱點(diǎn)基因TOP5為：NLRP3(炎癥)、STAT3(腫瘤)、

MTOR(代謝)、SIRT1(衰老)、TLR4(微生物調(diào)控)

2023熱點(diǎn)疾病/表型TOP5為：糖尿病、膽管

癌、胰腺癌、肝臟疾病、應(yīng)激與消化道疾病

胃腸道發(fā)育的時(shí)空分析；

異質(zhì)性細(xì)胞起源和機(jī)制；

階段性空間基因表達(dá)譜；

疾病進(jìn)展關(guān)鍵細(xì)胞類型；

病變區(qū)域空間轉(zhuǎn)錄特征；

臨床疾病診斷分子分型；

腫瘤微環(huán)境的功能特征；

轉(zhuǎn)移腫瘤的細(xì)胞異質(zhì)性；

細(xì)胞間互作和功能重塑；

空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用專題⑤

泌尿系統(tǒng)

泌尿系統(tǒng)由腎臟、輸尿管、膀胱及尿道組成，主要功能為將機(jī)體代謝過(guò)程中產(chǎn)生的各種不為機(jī)體

所利用或者有害的物質(zhì)向體外輸送。在泌尿系統(tǒng)研究中，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要可以幫助我們研究以

下內(nèi)容：①泌尿系統(tǒng)腫瘤微環(huán)境研究；②腎臟器官發(fā)育的空間圖譜；③泌尿系統(tǒng)疾病的發(fā)展機(jī)制。

空間轉(zhuǎn)錄組在泌尿系統(tǒng)研究中的應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組泌尿系統(tǒng)研究經(jīng)典案例

中文題目：人類腎乳頭的空間轉(zhuǎn)錄組圖譜確定了腎結(jié)石疾病患者的顯著免疫損傷

英文題目：A spatially anchored transcriptomic atlas of the human kidney papilla identifies significant

immune injury in patients with stone disease

期刊：Nature Communication IF：16.6

組學(xué)技術(shù)：10x Visium 空間轉(zhuǎn)錄組、10x Genomics snRNA-seq

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僅2022年全年，助力客戶發(fā)表文章2852篇，平均IF＞7

主要結(jié)論：

① 對(duì)結(jié)石患者中常見(jiàn)的集合管細(xì)胞亞型和未分化上皮細(xì)胞類型進(jìn)行了

詳細(xì)描述；

② 發(fā)現(xiàn)了一種以免疫激活、氧化應(yīng)激和細(xì)胞外基質(zhì)重塑為特征的結(jié)石

導(dǎo)致的整體損傷特征；

③ 發(fā)現(xiàn)了結(jié)石患者尿液中MMP7和MMP9顯著升高，且其水平與疾病

活動(dòng)性相關(guān)，可作為疾病的相關(guān)生物標(biāo)志物。

泌

尿

系

統(tǒng)

研

究

泌尿系統(tǒng)腫瘤微環(huán)境研究

腎臟器官發(fā)育的空間圖譜

泌尿系統(tǒng)疾病的發(fā)展機(jī)制

2023熱點(diǎn)基因TOP5為：MTOR(腫瘤)、NLRP3(炎癥)、

AR(前列腺癌)、EGFR(前列腺癌)、STAT3(腫瘤)

2023熱點(diǎn)疾病/表型TOP5為：膀胱癌癥、

腎臟疾病、尿路感染、糖尿病、前列腺

癌

分化中的細(xì)胞命運(yùn)軌跡

異質(zhì)性細(xì)胞起源和機(jī)制

腎生態(tài)位發(fā)育調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

疾病的臨床治療和分型

疾病細(xì)胞和分子生態(tài)位

細(xì)胞和微環(huán)境相互作用

解析腫瘤的微環(huán)境特征

空間背景下的免疫景觀

空間區(qū)域的抗腫瘤機(jī)制

空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用專題⑥

生殖系統(tǒng)

生殖系統(tǒng)是繁殖后代、分泌性激素并維持副性征的器官總稱，關(guān)于其發(fā)育和相關(guān)疾病的研究一直

是生物學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究的熱點(diǎn)。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要可以幫助我們研究以下內(nèi)容：①生殖系統(tǒng)的

發(fā)育分化研究；②生殖系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和功能研究；③生殖系統(tǒng)相關(guān)的疾病研究。

空間轉(zhuǎn)錄組在生殖系統(tǒng)研究中的應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組生殖系統(tǒng)研究經(jīng)典案例

中文題目：空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)描述了長(zhǎng)期卵巢癌幸存者在腫瘤-基質(zhì)界面上配體-受體的交叉異質(zhì)性

英文題目：Spatial Transcriptomics Depict Ligand–Receptor Cross-talk Heterogeneity at the TumorStroma Interface in Long-Term Ovarian Cancer Survivors

期刊：Cancer Research IF：11.2

組學(xué)技術(shù)：10x Visium 空間轉(zhuǎn)錄組

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僅2022年全年，助力客戶發(fā)表文章2852篇，平均IF＞7

主要結(jié)論：

① 確定了晚期HGSC癌相關(guān)成纖維細(xì)胞(CAF)異質(zhì)性和生存率之間的關(guān)系；

② 整合單細(xì)胞和空間組學(xué)數(shù)據(jù)區(qū)分腫瘤和基質(zhì)區(qū)域，研究了TME中各種腫

瘤和CAF亞型之間的空間分辨配體-受體相互作用；

③ 特定的CAFs亞型及其相對(duì)于特定卵巢癌細(xì)胞亞型的空間位置與晚期

HGSC患者的長(zhǎng)期生存相關(guān)；

④ 短期生存患者腫瘤組織在基質(zhì)-腫瘤界面發(fā)生的APOE-LRP5串?dāng)_增加。

生

殖

系

統(tǒng)

研

究

生殖系統(tǒng)的發(fā)育分化研究

生殖系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和功能研究

生殖系統(tǒng)相關(guān)的疾病研究

2023熱點(diǎn)基因TOP5為：JAK2(細(xì)胞增殖)、LHCGR(性腺

激素受體)、FOXO1(氧化應(yīng)激)、PTEN(抑癌)、DMRT1(發(fā)育)

2023熱點(diǎn)疾病/表型TOP5為：前列腺癌(PC)、妊

娠疾病、應(yīng)激疾病、不孕不育、卵巢癌(OC)

細(xì)胞亞群的功能鑒定；

空間區(qū)域細(xì)胞間互作；

功能亞群的空間分布；

疾病發(fā)展的機(jī)制研究；

腫瘤空間異質(zhì)性研究；

細(xì)胞狀態(tài)與疾病關(guān)聯(lián)；

生殖細(xì)胞的譜系分化；

性腺發(fā)育的時(shí)空?qǐng)D譜；

空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄特征；

卵巢癌空間分辨的配

體-受體相互作用

高級(jí)漿液性卵巢癌(HGSC)樣本

空間轉(zhuǎn)錄組

（4個(gè)治療樣本）

單細(xì)胞

數(shù)據(jù)集

單細(xì)胞空

間圖譜

腫瘤和基

質(zhì)簇識(shí)別

基質(zhì)簇異

質(zhì)性研究

CAF簇特征基因預(yù)后

CAFs和腫瘤細(xì)胞間細(xì)

胞通訊研究

MIA

空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用專題⑦

內(nèi)分泌系統(tǒng)

內(nèi)分泌系統(tǒng)指全身的內(nèi)分泌腺，是除神經(jīng)系統(tǒng)以外的另一重要機(jī)能調(diào)節(jié)系統(tǒng)?？煞譃樾螒B(tài)結(jié)構(gòu)上獨(dú)立存在的肉眼可

見(jiàn)器官，即內(nèi)分泌器官；以及分散存于其它器官組織中的內(nèi)分泌細(xì)胞團(tuán)，即內(nèi)分泌組織。部分內(nèi)分泌器官及組織參

與人類性活動(dòng)，對(duì)人類性活動(dòng)影響較大。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要可以幫助我們研究以下內(nèi)容：①內(nèi)分泌器官的空間圖譜；

②內(nèi)分泌細(xì)胞的發(fā)育分化研究；③內(nèi)分泌相關(guān)疾病機(jī)制研究。

空間轉(zhuǎn)錄組在內(nèi)分泌系統(tǒng)研究中的應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組內(nèi)分泌系統(tǒng)研究經(jīng)典案例

中文題目：發(fā)育中人類胰腺的單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)景觀

英文題目：Single-cell transcriptomic and spatial landscapes of the developing human pancreas

期刊：Cell Metabolism IF：29

組學(xué)技術(shù)：10x Genomics scRNA-seq、10x Visium 空間轉(zhuǎn)錄組

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僅2022年全年，助力客戶發(fā)表文章2852篇，平均IF＞7

主要結(jié)論：

① 整合了多個(gè)發(fā)育時(shí)間點(diǎn)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)了不同的時(shí)空

基因級(jí)聯(lián)；

②細(xì)胞軌跡推斷確定了分化為α或β細(xì)胞的內(nèi)分泌祖群和分支特異性基因；

③空間分化軌跡表明施旺細(xì)胞與內(nèi)分泌祖細(xì)胞在空間上共定位，細(xì)胞通訊分析預(yù)

測(cè)它們可能通過(guò)L1CAMEPHB2信號(hào)通路相互作用。

內(nèi)

分

泌

系

統(tǒng)

研

究

內(nèi)分泌器官的空間圖譜

內(nèi)分泌細(xì)胞發(fā)育分化研究

內(nèi)分泌相關(guān)疾病機(jī)制研究

2023熱點(diǎn)基因TOP5為：CLOCK(節(jié)律)、LHCGR(性

激素合成)、STAT3Z(腫瘤)、FOXO1(氧化應(yīng)激)、

SIRT1(炎癥)

2023熱點(diǎn)疾病/表型TOP5為：應(yīng)激后內(nèi)分泌

變化、糖尿病、乳腺癌、多囊卵巢綜合征、

甲狀腺癌

內(nèi)分泌細(xì)胞群特征基因；

異質(zhì)性和多譜系動(dòng)力學(xué)；

組織器官區(qū)域功能特征；

疾病發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄特征；

獨(dú)特細(xì)胞群的功能特征；

疾病標(biāo)志物和靶點(diǎn)研究；

異質(zhì)性細(xì)胞起源和機(jī)制；

內(nèi)分泌細(xì)胞的空間分布；

功能細(xì)胞間的相互作用；

胰腺發(fā)育得的轉(zhuǎn)錄組

學(xué)景觀

0

0

人類胚胎發(fā)育中的胰腺

scRNA-seq 空間轉(zhuǎn)錄組

STlearn

（空間細(xì)胞通訊）

內(nèi)分泌細(xì)胞譜系動(dòng)力學(xué)

施旺細(xì)胞與內(nèi)分泌細(xì)胞

間的相互作用

Seurate整合分析

空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用專題⑧

心血管系統(tǒng)

心血管系統(tǒng)由心臟、動(dòng)脈、毛細(xì)血管和靜脈等組成，主要功能是保持機(jī)體內(nèi)環(huán)境的穩(wěn)態(tài)、新陳代

謝的進(jìn)行和維持正常的生命活動(dòng)。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要可以幫助我們研究以下內(nèi)容：①心臟器官發(fā)

育的時(shí)空?qǐng)D譜；②心血管疾病潛在機(jī)制研究；③心血管疾病診斷治療研究。

空間轉(zhuǎn)錄組在心血管系統(tǒng)中的應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組心血管系統(tǒng)研究經(jīng)典案例

中文題目：巨噬細(xì)胞異質(zhì)性的時(shí)空動(dòng)態(tài)和Trem2hi巨噬細(xì)胞在梗死心臟中的潛在功能

英文題目：Spatiotemporal dynamics of macrophage heterogeneity and a potential function of

Trem2hi macrophages in infarcted hearts

期刊：Nature Communication IF：16.6

組學(xué)項(xiàng)目：10x Genomics scRNA-seq、10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組

美吉生物提供全組學(xué)一站式無(wú)憂解決方案

僅2022年全年，助力客戶發(fā)表文章2852篇，平均IF＞7

主要結(jié)論：

①單細(xì)胞和空間組學(xué)確定了12種主要的免疫細(xì)胞群，發(fā)現(xiàn)心肌梗死后

巨噬細(xì)胞的比例發(fā)生動(dòng)態(tài)變化；

②軌跡推斷分析顯示，心肌梗死后期巨噬細(xì)胞中Trem2表達(dá)上調(diào)；

③Trem2hi巨噬細(xì)胞在心梗晚期有占比優(yōu)勢(shì)，并具有抗炎特性；

④體內(nèi)注射可溶性Trem2可顯著改善梗死心臟的功能和結(jié)構(gòu)。

心

血

管

系

統(tǒng)

研

究

心臟器官發(fā)育的時(shí)空?qǐng)D譜

心血管疾病潛在機(jī)制研究

心血管疾病診斷治療研究

心血管疾病免疫微環(huán)境；

疾病的空間多組學(xué)圖譜；

疾病相關(guān)細(xì)胞類型鑒定；

心血管疾病的譜系狀態(tài)；

疾病標(biāo)志物和靶點(diǎn)研究；

疾病微環(huán)境的動(dòng)態(tài)變化；

2023熱點(diǎn)基因TOP5為：ACE2(調(diào)節(jié)因子)、PCSK9(穩(wěn)

態(tài))、CAV1(炎癥)、COIL(血管緊張素)、NLRP3(炎癥)

2023熱點(diǎn)疾病/表型TOP5為：心臟衰竭、心

肌梗死、心房纖維性顫動(dòng)、心肌病、心臟病

Top Disease/phenotype Top Gene

組織空間區(qū)域功能特征；

心臟組織空間特征基因；

發(fā)育中的心臟特征圖譜；

空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用專題⑨

運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)

運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)由骨、關(guān)節(jié)和骨骼肌三種器官組成，主要發(fā)揮運(yùn)動(dòng)、支持和保護(hù)等功能?？臻g轉(zhuǎn)錄組

學(xué)主要可以幫助我們研究以下內(nèi)容：①關(guān)節(jié)炎癥疾病的發(fā)展機(jī)制；②運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)的發(fā)育分化研究；

③骨骼肌細(xì)胞和分子的空間圖譜。

空間轉(zhuǎn)錄組在運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)研究中的應(yīng)用

空間轉(zhuǎn)錄組運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)研究經(jīng)典案例

中文題目：營(yíng)養(yǎng)不良肌肉的細(xì)胞和分子空間圖譜

英文題目：A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle

期刊：PNAS IF：11.1

組學(xué)項(xiàng)目：10x Genomics scRNA-seq、10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組

美吉生物提供全組學(xué)一站式無(wú)憂解決方案

僅2022年全年，助力客戶發(fā)表文章2852篇，平均IF＞7

主要結(jié)論：

①使用嚴(yán)重營(yíng)養(yǎng)不良的D2-mdx小鼠模型,整合空間和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄數(shù)

據(jù)集，生成了營(yíng)養(yǎng)不良肌肉的高分辨率細(xì)胞和分子空間圖譜;

②無(wú)偏聚類揭示了與多個(gè)再生時(shí)間點(diǎn)相關(guān)的D2-mdx肌肉中獨(dú)特細(xì)胞

類群的區(qū)域差異分布;

③發(fā)現(xiàn)來(lái)自局部損傷區(qū)域的炎癥和纖維化信號(hào)的傳播有助于廣泛的

病理學(xué)，并且確定了杜氏肌肉萎縮癥(DMD)治療的潛在靶向途徑。

運(yùn)

動(dòng)

系

統(tǒng)

研

究

關(guān)節(jié)炎癥疾病的發(fā)展機(jī)制

運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)的發(fā)育分化研究

骨骼肌空間細(xì)胞和分子圖譜

細(xì)胞異質(zhì)性的驅(qū)動(dòng)因素

損傷后骨骼肌再生機(jī)制

運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)早期發(fā)育圖譜

空間背景下的炎癥特征

炎癥部位的免疫微環(huán)境

疾病病理學(xué)的深入表征

營(yíng)養(yǎng)不良肌肉的細(xì)胞

和分子空間圖譜研究

空間轉(zhuǎn)錄組

D2-mdx小鼠模型

小鼠骨骼肌中的

細(xì)胞和分子特征

營(yíng)養(yǎng)不良的肌肉

病理特征研究

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+空間轉(zhuǎn)錄組

細(xì)胞類型的空間圖譜

病理相關(guān)的區(qū)域細(xì)胞

和分子信號(hào)研究

功能細(xì)胞空間分布特征

特征基因空間表達(dá)模式

稀有細(xì)胞類型空間分布

PubMed關(guān)鍵詞：Orthopaedic

截至2023年,據(jù)PubMed檢索結(jié)果顯示, Medline已收錄運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)領(lǐng)域相

關(guān)研究537,509篇,其中2022年發(fā)表研究51,067篇,較2013年的19,859

篇，十年增長(zhǎng)近2.5倍。

運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)研究熱點(diǎn)基因：

MTOR——風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎滑膜免疫

Tfr1——骨骼肌發(fā)育

CIPC——骨骼肌損傷修復(fù)再生

Spp1——骨骼肌纖維化