二、研究成果
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通過(guò) Pathway 顯著性富集能確定基因參與的最主要生化代謝途徑和信號(hào)轉(zhuǎn)
導(dǎo)途徑。當(dāng)校正的 p 值(Qvalue) ≤ 0.05 時(shí),認(rèn)為 KEGG 通路存在顯著富集情況。
如圖 3 所示,乙酸+IL-1β 組和 IL-1β 組之間的 KEGG 富集分析顯示 11 條顯著富
集途徑與炎癥相關(guān),如細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用、NF-κB 信號(hào)通路、PI3KAkt 信號(hào)通路和 TNF 信號(hào)通路等(圖 3A)。丙酸+IL-1β 組和 IL-1β 組之間的
KEGG 富集分析顯示 13 條顯著富集途徑與炎癥相關(guān),如細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體
相互作用、PI3K-Akt 信號(hào)通路、JAK-STAT 信號(hào)通路、MAPK 信號(hào)通路、NF-κB
信號(hào)通路和 TNF 信號(hào)通路等(圖 3B)。丁酸+IL-1β 組和 IL-1β 組之間的 KEGG
富集分析顯示 14 條顯著富集途徑與炎癥相關(guān),包括細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互
作用、PI3K-Akt 信號(hào)通路、NF-κB 信號(hào)通路、MAPK 信號(hào)通路、JAK-STAT 信號(hào)
通路和 Wnt 信號(hào)通路等(圖 3C)。
圖 3 與炎癥相關(guān)的 KEGG 通路富集圖。(A)IL-vs-乙酸+IL-1β 組,(B)
IL-vs-丙酸+IL-1β 組,(C)IL-vs-丁酸+IL-1β 組。
為了驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)果的可靠性,研究人員通過(guò) qRT PCR 檢測(cè)丙酸+IL-1β
組和 IL-1β 組之間與炎癥相關(guān)的 10 個(gè)差異表達(dá)基因的 mRNA 表達(dá),包括胸腺瘤
病毒原癌基因 1(AKT1)、趨化因子(C-C 基序)配體 2(CCL2)、趨化因子
(C-C 基序)配體 11(CCL11)、核因子 κB 亞基 1(NFKB1)、組蛋白去乙酰
化酶 7(HDAC7)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄激活因子 1(SATA1)、基質(zhì)金屬肽酶 10
(MMP10)、白細(xì)胞介素 11(IL11),干擾素誘導(dǎo)的跨膜蛋白 3(IFITM3)和
趨化因子(C-X-C 基序)配體 2(CXCL2)。結(jié)果表明,丙酸+IL-1β 組 10 個(gè)基
因的 mRNA 水平均低于 IL-1β 組。qRT PCR 結(jié)果和轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)果的類似趨勢(shì)表
明轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序數(shù)據(jù)是可靠的。(圖 4)