第 11 期 許建豐等:基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的斑地錦內(nèi)參基因篩選及驗(yàn)證 2279
和陽桃(Averrhoa carambola)[23]等研究中也存在,
可能是由于軟件的算法不同導(dǎo)致內(nèi)參基因穩(wěn)定性
排序不同[24]。因此,需要幾何平均值算法進(jìn)行綜
合分析得到最適合的內(nèi)參基因。同時(shí),為了驗(yàn)證
篩選出的內(nèi)參基因表達(dá)穩(wěn)定性,選取槲皮素生物
合成過程中的關(guān)鍵基因 EmC4H 作為目的基因進(jìn)
行了驗(yàn)證,結(jié)果表明,以綜合分析結(jié)果最好的
EmGDI1 為內(nèi)參基因,EmC4H 在斑地錦不同生長(zhǎng)
期各組織中的表達(dá)差異與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果趨勢(shì)一
致[25],進(jìn)一步證明 EmGDI1 內(nèi)參基因的可靠性。
GDI1 是 GDP 解離抑制因子,屬于 Rab 蛋白
家族,普遍表達(dá)在各種組織中,能與 Rab GTPase
結(jié)合在膜上,參與調(diào)節(jié)囊泡形成、囊泡沿著微管
和微絲運(yùn)輸以及膜融合等多個(gè)方面的膜運(yùn)輸過
程。在甘藍(lán)型油菜新開發(fā)的內(nèi)參基因中,GDI1
也是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因之一[26]。10 個(gè)候選內(nèi)參基
因中,EmUBQ 表達(dá)也較穩(wěn)定,僅次于 EmGDI1,
如果采取內(nèi)參基因組合,則 EmGDI1 和 EmUBQ
較為合適。但是若試驗(yàn)情況發(fā)生了變化,例如研
究光照條件對(duì)斑地錦基因表達(dá)的影響等,可能需
要重新篩選評(píng)估以獲得合適的內(nèi)參基因。
本研究根據(jù)課題組前期研究及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)
據(jù)篩選出 10 個(gè)候選基因,結(jié)合 RT-qPCR 技術(shù)及
geNorm、NormFinder 和 BestKeeper 等內(nèi)參基因
分析軟件對(duì)各候選基因進(jìn)行穩(wěn)定性分析,以槲皮
素生物合成過程中的 EmC4H 基因進(jìn)一步驗(yàn)證,
確定 EmGDI1 為較適合斑地錦不同生長(zhǎng)期不同組
織基因表達(dá)模式研究的內(nèi)參基因,為斑地錦分子
生物學(xué)研究提供了便利條件。
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